钟岳消失后的第十一年，穆天帝昭告天下，宣布天丞相易风为伏羲乱党，窝藏伏羲重犯，削丞相之职，起兵征讨伏羲余孽。
先天神帝、先天魔帝闻风归降，臣服于天帝，神帝魔帝被封为古老宇宙两大御帝，诏令天下神魔各族，聚集万族雄兵，神族诸神十亿八千万，魔族魔神十一亿两千万，帝四十八尊，帝君、造物无数，各族誓师，开赴祖庭。
穆天子御驾亲征，天军所过之处，伏羲叛逆领地内的神魔各族无不闻风而降，不费一兵一卒，便攻克通天星路八大神城，占领无边星域。
这一路捷报连连，如同雪花一般送到天帝座前。
是年十二月，大军分为六十四路，兵临伏羲余孽的六十四神城。
此时，华胥氏雷泽氏广告天下，迁徙圣地入祖庭，助兵伏羲，与穆天帝决裂。又有金乌氏、天妖氏、阴康氏、中央氏、天元氏造反。时有人族才子云卷舒，素有反志，为各族作檄文，征讨天帝。
宣告天帝残暴，奴役各族，连年征战，民不聊生，此等暴君，难以为帝。
“天下苦穆久矣！吾今揭竿而起，非为天下，而为众生！”
云卷舒又为天妖氏作檄文，叫做讨帝令，揭发穆天子非男非女，违背天伦，自渎其身，自生儿女，穆先天百万儿女，皆是自己个儿与自己个儿生的！
“旷世大妖孽，入朝堂，居帝位，自渎其身，非天下之福！我天妖氏当举旗而反之！”
有神将取来一张檄文先给穆天帝，穆天帝看到天妖氏檄文，气得浑身发抖，拔剑将那献檄文的神将砍了，怒道：“妖孽胆敢污蔑朕，欺朕太甚！这些皮毛之辈都该绝种，消朕心头之恨！”
又有娇痋女帝造反，率昆族亿万大军入祖庭，云卷舒亦为娇痋女帝作檄文，道：“穆妖帝有三身，一女二男，自渎其身，生儿育女，自产百万，五行缺德。我虽为昆族，但也知伦常，羞于做其结拜姊妹，今日举旗反了，纠正伦常，以正视听！”
穆天帝怒不可遏，跺脚骂道：“娇痋，你也反朕？倘若没有朕，你们这些小虫豸还在阴沟里呆着！”
有近臣道：“陛下，此当是母皇大帝的诡计。母皇大帝尚在，娇痋女帝被其操控，潜伏于陛下身边。”
穆天帝下令诛之：“朕早已知道，还用你说？”
群臣不敢再言。
司命下令，命将士在祖庭建立天庭，金碧辉煌，气派非凡，正是将紫薇的天庭搬运到祖星，笑道：“而今我有天庭，穆先天居无定所，何以为帝？敢问穆先天，天庭何在？”
穆先天大怒，喝令神帝魔帝大军围战六十四神城，双方血战百十日，诸帝亲自上阵杀伐，却被贼子玄奇二帝、金乌神帝、葬灵神王、天玄神王、天机神王、逴龙神帝、女娲、天妖帝、母皇大帝等贼首挡住，不能胜之。
穆先天命韬光先生出战，又被相王挡住。
神魔二帝出战，雷泽古神、神垕娘娘迎战，也不能胜之。
六十四城尸积百万，又有叛贼军师墨隐于城中左妖法，祭祀虚空界，请来诸帝帝灵，让各族联军颇为狼狈。
天庭援军来到，穆先天亲自上阵厮杀，三身合体，三头六臂，重创母皇大帝，力斩娇痋女帝，六十四城吃力，贼人血战不敌，于是弃城三十二座，守住剩下的三十二城。
又苦战数年，伤亡无数，司命下令弃城，回守八关。
天庭与古老宇宙神魔大军围战八关，苦战数年，死伤不计其数，司命再下令退守神魔太极城。
于是，天庭与古老宇宙的联军兵临祖庭星域，将祖庭星域围得水泄不通。双方血战两年有余，终于神魔太极城失守，神魔联军和天庭大军长驱而入，杀入祖庭。
“等的就是此时，这些年诱敌深入，死伤无数，为的就是这一刻！”
司命催动祖庭杀阵，祖庭中无数杀阵启动，苍苍茫茫幽幽冥冥混混沌沌，不可测不可知不可见，历代天皇地皇杀阵，伏旻道尊的第一杀阵，统统启动！
大阵之中，哀鸿遍野，死者亿万，残魂如云，碎尸如山，血雾如潮。
第一天，千万神魔葬送，第二天死者多达亿数，第三天诸帝死伤过半，第四天先天神帝先天魔帝遭到重创，穆先天神道真身和魔道真身葬身在杀阵之中。
到了第五天，大阵运转出现差池，神魔二帝率领残兵残将护送穆先天逃出杀阵，雷泽古神、神垕娘娘衔尾追击，一路伏尸无数，伤亡惨重，天庭大军和神魔联军被生生打残！
神魔二帝苦战不休，阳侯魔帝突然反叛，重创先天魔帝，神垕娘娘趁机缴首，将先天魔帝斩杀。
穆先天正以为必死无疑，突然天穹裂开，天降血雨，苍天碧血，有诸多先天神王脚踏血雨而来，战退追兵，救驾而去。
阳侯魔帝宣布投诚，昭告天下，曰：“穆贼窃取天地正统，帝者不帝，甘为天子，自甘堕落，自渎其身，于是臣者不臣，吾当举旗而反之！”于是投靠祖庭，将先天魔帝首级挂在神魔太极城上。
司命下令，让麾下大军趁机收服失地，夺回八关六十四城，处死背叛的神族魔族百万，将这些背叛的神族魔族贬为奴隶，修缮八关六十四城。
穆天帝折损惨重，先天魔帝葬身，追随穆天帝的上古大帝死伤过半，兵力折损六成，无力再攻打祖庭，战事暂且告一段落。
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