日本政府行动迅速，开始就此案进行审判，为了解救华工，日本官员不断传唤被拐华工作证，一次十人或二十人不等，事毕将这些证人留在横滨，并不令其回船。这虽为一时权宜之计，但非常奏效，对解救被拐华工颇有帮助。埃雷拉见势不妙，想要一走了之，于是向法庭申请离境，但立即为日本方面所拒绝。日本神奈川县法庭并于8月9日发出限制离境令，并于8月17日派员进入关押多数被拐华工的船舱，宣布“此船在横滨停泊期间，日本政府对诸君予以保护。”8月26日神奈川县法庭宣判认定“玛耶西”号船长埃雷拉虐待被拐华工、从事奴隶贸易。日本方面随后扣留了“玛耶西”号，并解救了全部被拐华工。
清朝政府在接到日本方面的通知后，认为“日本能顾大局，为中国办事，且驻日本与驻沪之英美领事，均云必须重办。若竟置诸不理，非但难对被拐之二百余人，恐后来拐卖人口者更多，且更为各国看轻。”遂于9月17日决定派遣上海租界会审委员陈福勋赴日处理此事，最后除一人病死一名女孩失踪外，其余华工均被解救回国。
在处理善后时，因陈福勋交接之前的被拐华工食宿费用，日本政府是免费提供的；陈福勋曾向日方提起过要支付这笔费用，但是副岛种臣婉然拒绝，说是此款系在与他未曾交接之前所用，中方不必支付，并嘱咐其部下“此系出于日本国家之己意，不准开报，并饬令数目之多寡，亦不准告知。” 副岛种臣的所为曾令清政府大员对日本刮目相看，颇有好感。清朝政府为了感谢日本政府热心救助被拐华工，还专门赠送了礼品。
“此事当年之外务卿副岛，曾力主为中国被拐之民申义，使其得以平安返回中国，免受奴役之苦，确是功德无量，今日想来，亦是可感。”恭亲王想起当年的往事，禁不住感叹起来，“藉此减免赔款数额，最好不过。”
“这个副岛，便是当年紫光阁觐见之时的那个副岛是吧？”同治皇帝听到了“副岛”这个名字，起先觉着甚为耳熟，想了好一会儿之后，才想起了他是哪个。
“回皇上，正是这个副岛，后充任驻京公使，当年允其觐见时之礼同西国，亦有酬其高义之意。”文祥说道，“此次和谈，亦有其在内，只是近日旧疾复发，未得参与。”
“竟然病了，不会是因为咱们管他们要赔款要得太多了吧？”同治皇帝哈哈一笑，“这会子又减了他们二百万镑，估么着他一知道这消息，身上这病便会好了。”
听到同治皇帝说话又有些不着调，慈禧太后的心里又发出了一声重重的叹息。
她看了同治皇帝一眼，对林义哲说道：“林义哲，就照你说的办罢。这一百万镑，便照此开减。那个副岛，你不妨送些药过去，以表探望之意，并告诉他这宽免之数，是为了酬答当年日本救助我百姓之的高义。期盼两国就此永久和好，再无争端。”
“臣遵旨。”林义哲想了想，还是没有说自己已经送了副岛种臣两棵山参的事。
“林义哲，这五百万镑，你能从倭人身上要出来，便是大功一件。”同治皇帝想到可能到手的2000万两银子哪怕不全给自己花，自己和后妃们的用度也定当会宽裕不少，是以又显得有些兴奋起来。
就在几天前，他在和皇后慧妃轮着玩“花样”的时候，还告诉了她们这一次从日本人那里榨银子的事，并许诺给她们增加月例银子，皇后知道后并未有多少兴奋之意，只是淡淡一笑谢恩，但慧妃却是着把高兴两个字都写在了脸上，并用实际行动好好的谢了他一回。
想到慧妃在床上的浪劲儿，同治皇帝的下身又有些火热，心思也渐渐的又转向了房中之事上……
“臣以身家性命担保，定要从日本索得此款。”林义哲恭声答道。
“对了，皇帝，林义哲此前奏报请求开释日人俘虏，皇帝可准了没有？”慈禧太后向同治皇帝问道，将同治皇帝的思绪又拉了回来。
“回皇额娘的话，儿子昨日已经准了。今日便可下发。”同治皇帝不明白母亲怎么突然问起日本俘虏的事来，赶紧答道。
“如若皇额娘觉着不妥，儿子可令军机处收回……”可能是担心母亲又有什么新的旨意，同治皇帝接着又补充了一句。
“没什么不妥的，发下去就是了。”慈禧太后瞪了同治皇帝一眼，在心里又叹了口气。
身为天子，朝令夕改的大忌，皇帝似乎也忘记了……
“林义哲，此次台海之役，这贼徒首级的赏格银子，听说都是你自己个儿垫付的？”慈禧太后问道。
“回皇太后，这赏格银子，是从商民捐献的银子里出的。”林义哲说道，“此次事发突然，兵粮行船之费来不及筹措，除由闽省藩库先行垫付三十万两银之外，皆是由闽台两地商民捐献而来。此外赖直省助款，前后共计三百余万两。至于具体用数，臣已在折内禀明。”
事实上，这一次的台海之战，如果不是福建台湾的商民捐献和乔致庸给他垫付了一百万两银子，以及陈家和罗特希尔德银行的帮助，他根本打不了这么顺利。是以在这一次召对时，他适时的将军费的事提了出来，请求户部准予报销。
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