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随船继续南下，左懋第和马绍愉感觉自己成了囚徒，尽管没有捆绑，但也无法自由，因为这条船上到处都是周虎臣的士兵。
圣旨和诰券也被收走了，那些船更不要说，而那个跋扈的周虎臣再也未曾露面。左懋第和马绍愉也明白，周虎臣这也算是给他们一个交代，让别人知道这是周虎臣做的，与他们无关。
徐州的高杰这次很乖，除了严加戒备和仇视的目光什么都没做，他就当周虎臣不存在——你随便过。
这次转战时间太长了，当周虎臣回到扬州，无论朝中还是驻军将领都发生了一些变化。在周遇吉的口中得知，江南总兵黄斌卿东上，现在开始防御镇江东翼的京口。而左良玉手下总兵金声桓则率领几万民练进入了扬州的北方，位于两淮之间。任命王燮为山东巡抚，丘磊为山东总兵，八月命原任蓟督王永吉戴罪总督山东军务。
这种任命很多，任命了总督、巡抚、巡按和总兵之类的官员多如牛毛，但只是虚有其名，根本行使不了管辖权。根本没有几个人去上任，无兵是一个原因，另一个原因就是，这些地方现在处于三方角逐，纷乱的根本无法控制。受命的官员都在观望，任命的巡抚、总兵仅派了几个使者，或者根本就未到的地方颁诏、遣牌，虚应故事就万事大吉。
而在弘光朝中，现在却一片混乱。
原因还是因为六月的时候，首辅马士英以定策和边才为名竭力推荐阮大铖，马士英的上疏立即遭到东林和复社人士的强烈反对。而马士英不顾其他阁臣异议，亲自票拟，六月间取得弘光帝同意：“召逆案为民阮大铖冠带来京陛见。”阮大铖出仕已成定局。八月，弘光帝又依从安远侯柳祚昌的提议，不经朝臣会议，直接任命阮大铖为兵部添设右侍郎。
阮大铖是谁，他是列名魏忠贤逆案的人物之一。魏忠贤掌权时，阮大铖并没有什么大的恶迹，他还属于东林中人，就是魏忠贤倒台时草拟了两份内容不同的奏疏准备首尾两端而已，可惜，这件事最后暴露了。东林人士为之大哗，阮大铖也因此列入逆案第三等，永不叙用。
阮大铖政治上失意，但他还是有才的，就借寓南京编演新戏，交结朋友，声歌自娱，这在当时的留都也是极平常的事。不料，顾杲、吴应箕、陈贞慧这批公子哥儿看这阮大铖不顺眼。崇祯十一年，他们写了一篇《留都防乱公揭》广泛征集签名，对阮大铖鸣鼓而攻之，文中充满了危言耸听之词。阮大铖因挂名“钦定逆案”，有口难辩，一败涂地；陈贞慧等复社中人算是痛打了一下落水狗。
马士英和东林复社中人并没有什么过节，他帮阮大铖却是因为报恩。
崇祯十四年，东林复社人士以不光彩的手段，重贿司礼监太监，使周延儒再次出任首辅。阮大铖为了东山再起，一面参与拼凑贿金，一面向“东林诸君子”苦苦哀求着请求原谅。可惜，虽然有人表示了谅解，可阮大铖获得的不是彻底谅解。周延儒既然得到阮大铖的资助，又碍于东林骨干的要挟，采取折衷办法，接受了阮大铖的推荐，起用其同年好友、革职遣戍的原宣府巡抚马士英为凤阳总督。
现在，马士英做了新朝的首辅，他当然要报恩。马士英建议起用阮大铖原意只是报知遇之恩，并没有掀翻“逆案”的意思，更没有排挤东林复社人士的意思，马士英其实是颇想联络各方面人士，特别是东林复社的头面人物，造成众望所归、和衷共济的局面。可是，这仍旧捅了马蜂窝。
第二次学生运动又爆发了，南京的太学生们以“秦桧在内，李纲在外”掀起了抗议马士英的浪朝，此次上疏有三百余人签名，比第一次学生运动更为浩大。不用说，复社的太学生们将马士英比喻成了秦桧，史可法比喻成了李纲。东林和复社中人对马士英进行了疯狂攻击，大有不灭他誓不罢休之势。
无论朝中还是不在朝中的东林复社人士都开始激烈反对阮大铖出仕，阮大铖这么多年的“蛰居”并不是仅仅是在歌舞升平，加上比较有钱，他自然有自己的结交对象。其中有很多官员与勋贵，其中还有老福王的潜邸旧人大太监卢九德，而卢九德自然也会帮他说话。马士英和卢九德帮忙，加上史可法督军北上，皇帝信任马士英和卢九德，阮大铖出仕了。
这次的学生运动涉及到了自己，处于风暴中心的马士英很快就跟阮大铖结成了牢固的联盟，对东林和复社的反扑就要开始了。
东林复社人士像哑子吃黄连一样有苦难言，一部分人借攻阮大铖、攻四镇，想稳定自己的地位，结果可想而知。有这么多人庇护阮大铖，理所当然败下阵来。不久，朝中官员开始自行引退，兵部侍郎吕大器、大学士高弘图、姜曰广、吏部尚书张慎言等人都开始观望，风雨欲来，这个新建的朝廷已经出现了内部不稳的迹象。
对周遇吉有知遇之恩的张国维走了，原因是，原来的吏部尚书徐石麟年迈就要致仕，朝推张国维吏部尚书。可惜，马士英认为张国维不是自己人，他利用自己的职权成功让张捷上位，心灰意冷的张国维就这样回了老家东阳。
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