崇祯皇帝嗣位以后、追尊生母为孝纯皇后，且东李庄妃鞠育有恩，特上妃封号，尊熹宗后张氏为懿安皇后，立后周氏，册田氏、袁氏为妃；斩杀了客氏弟客光先、子侯国兴、宁国公魏良卿，并亲自裁夺科罪七等。首逆魏忠贤、客氏依谋反大逆律，枭首磔尸；次与首逆同谋，如崔呈秀、魏良卿、侯国兴等六人，立即斩决；又次为交结内侍，如刘志选、梁梦环、倪文焕、许显纯等十九人，均拟斩首秋后处决。
还有交结近侍次等，如魏广微、周应秋、阎鸣泰、杨维垣等十一人，及逆孽魏志德等三十五人一并充军；再次为谄附拥戴，如太监李寔等十五人亦俱充军；又有交结近侍末等，如顾秉谦、冯铨、王绍徽等一百二十八人，俱坐徒三年；最轻是交结近侍减等，如黄立极等四十四人，俱革职闲住。
不过崔呈秀回到蓟州，闻这个消息，罗列姬妾，及诸般珍玩，呼酒痛饮，饮尽一巵，立将酒巵掷去，随饮随掷，掷碎了数十巵，乃阖户自缢，崇祯皇帝终于没有活着杀了崔呈秀
崇祯皇帝以黄立极、施凤来、张瑞图、李国潽等，身居揆席一意媚阉魏忠贤，并应斥罢；崇祯皇帝以仿古时枚卜遗典，将所荐阁臣姓名，贮入金瓯，焚香肃拜，依次探取，得钱龙锡、李标来、宗道、杨景辰四人。复因天下多事，更增得周道登、刘鸿训二人，遂并命入阁同为大学士，又招孙承宗、韩爌入朝，崇祯一朝大有中兴的气象。
江西巡抚洪瞻祖报闻，四月十一日，南赣流寇夺天王，率众万人攻破安远县城，安远知县沈克封弃城，夺天王劫库放囚，在安远县城建号永兴元年自立为王，这可是一个晴天霹雳，使得崇祯和朝廷官员把目光盯向了江南两广。
正好福建巡抚熊文灿奏章，称海盗郑芝龙已经答应招降，应乞加恩授职等，给事中颜继祖上言芝龙既降，应责令报效，方可酌量授职，既然江西巡抚洪瞻祖兵马不足，正好让腾出手脚的建巡抚熊文灿协助洪瞻祖剿灭南赣流寇夺天王，崇祯皇帝不日就准旨，就这样郑芝龙摇身一变也成了朝廷官员因为招降郑芝龙和剿灭南赣流寇夺天王有功，朝廷升调熊文灿为两粤总督一职。
六月间崇祯皇帝得到了建虏蒙古兵败的消息，崇祯皇帝顿时动了痛打落水狗的想法，于是用袁崇焕为兵部尚书兼任右副都御史，加督师蓟辽兼督登莱、天津军务，传袁崇焕至京城入见平台，七月袁崇焕从辽东赶回京城。
崇祯皇帝平台咨及平辽方略，袁崇焕上疏陈述兵事，声称自己可以五年复辽，朱由检对此大加赞赏，给事中许誉卿问袁崇焕复辽的策略，袁崇焕却说是用这种话安慰皇上，许誉卿听了目瞪口呆。
许誉卿说道：“皇上英明，怎麽可以随便应对。他日按照期限追求成效，你该怎麽办。”
袁崇焕也觉得自己失言了，于是再次上奏说：“五年复辽的计划不容易完成，陛下既然委托给臣，臣怎麽敢推辞这艰难的任务。但是五年内，户部转运军饷，工部供应器械，吏部用人，兵部调兵选将，必须朝廷内外事事配合，才能有所成功。”
皇上表示让四部的臣按照袁崇焕的话办，崇焕又奏称制辽有余杜谗不足，一出国门便成万里，设有妒功忌能的人员便足坏事，崇祯闻言起座说道：“卿勿疑虑，朕当为卿作主便了。”并赐尚方剑令袁崇焕便宜从事。
袁崇焕在京城庆功会友还没有消停，他负责的地盘就出乱子，自从蓟辽总督喻安性去职，两个月没有上官掌控蓟镇大权，七月二十日，蓟门驻军由于饥饿索饷鼓噪，焚抢火药，经多方措处，始解散。至八月初，顺天巡抚请先发欠饷三月，以安军心，还在京城的袁崇焕急调赵率教为蓟镇总兵官，镇守永平、蓟州，辖马松、大石、曹墙八路，平息蓟门索饷鼓噪风波。
还没有等袁崇焕踹上一口气，七月二十五日，辽宁宁远军中四川、湖广兵因缺饷四个月，发生兵变，其余十三个营起而应之，变缚巡抚毕自肃、总兵官朱梅、通判张世荣、推官苏涵淳于谯楼上，袁崇焕被迫急急忙忙赶回辽东，八月初与兵备副使郭广密谋筹借商民，足五万银子解困，诱捕其首恶张正朝、张思顺，斩首十五人，平定了这次兵变。
事后巡抚关宁都察院右佥都御史毕自肃，性情刚烈愤激之下，绝食十三天之后去世；宁远兵变时，后来的名人左良玉被撤职，后又复官至游击；受其牵连川军肖参将率部逃逸，并裹挟了陕西刘国永部北走，袁崇焕急令祖大寿拦击肖参将、刘参将于锦州一线。
肖参将、刘参将所部只有两千人马，多是二人从四川、陕西带来的死党，因为袁崇焕借宁远兵变趁机夺权，引发了辽东客军大规模震荡，不甘心失去地位的肖参将、刘参将，带着不想最后战死在辽东的四川、陕西客军将士哗变，他们逃跑的路线是非常危险的朝鲜边境鸭绿江。
在松山附近肖参将、刘参将所部两千人马，被祖大寿、吴襄率领的八千人马堵住了，肖参将、刘参将现在前有祖大寿的大军阻截，后有袁崇焕派出的追兵，按说应该是在劫难逃了，这时祖大寿的妹夫吴襄出了一个馊主意。
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