王敦进了石头城，非常得意，当然也是大大的表扬了周札一番，他把军队驻扎在石头城，也不进宫去见司马睿，而是先开始自我封赏，自任丞相，领江州牧，邑“万户侯”...你司马睿不是下诏说杀了我就封五千户侯么，现在我是万户侯了...算是彻底的嘲讽了司马睿一次。
司马睿马上派出王导，周顗，刘隗，刁协，戴渊，郭逸，虞潭等人率军攻击石头城，不过很多人都是出工不出力，全被王敦一一打败，太子司马绍打算亲率军队攻击石头城，被庾亮和温峤劝阻了。
王敦纵容军队四处烧杀，健康城外城顿时大乱，官员们都四处奔逃或被抓...刘隗和刁协见到元帝，元帝含泪让他们快逃出城去避难，可刁协年老，不能骑马，元帝就派了些人护送刁协...刘隗倒是带着家眷悄悄的渡江跑掉了，可刁协得罪的人太多，派出的随从都很讨厌他，当天夜里，长江边上，那些随从杀了刁协，然后拿着首级就去献给了王敦。
王敦不去见司马睿，那意思很明白了，就是你自己来见我...司马睿算是中国历朝开国皇帝中最窝囊的一个，他“脱戎衣，著朝服”带着文武百官去了石头城--求和，并且说道：“欲得我处，但当早道，我自还琅邪，何至困百姓如此！”你王敦想当皇帝，就早些说啊，我还是当我的琅琊王，就不要骚扰百姓了...
其实早在王敦起兵前，文武百官，整个朝野上下绝大多数的人都认为王敦起兵并不过分，或许这次就是刘隗和刁协做得太过，当然也有人认为即使如此，也不该兴兵直接就杀来都城，这是犯上作乱...这样一个朝廷，朝权之争，下面的人还在讨论对与错...
而本来受王敦之邀一同清君侧的甘卓却没有来，因为大多数人劝他讨伐王敦，甘卓此时的态度显得非常暧昧，所以既不去随王敦，也不发兵去讨伐，保持沉默。
而被司马睿任命的湘州刺史谯王承，他是皇族宗室，也就是司马承，的确也不是个将才，他想起兵攻打王敦，被周抚率军一顿狂揍，老实了...
别说这些人，就算是司马睿本人，都是举棋不定，他既想保住皇权，又想不得罪门阀，不然他也不会赦免王导。
王敦掌控了朝廷，更是为所欲为，司马睿名为天子，却一点权力都没有，他如今发布的诏令竟然出不了宫门...王敦得势之后，第一个就是开始搞清算，第二就是封赏...刘隗跑了，直接跑去投奔了后赵，刁协死了，戴渊戴若思没办法跑，王敦就问道：“前日之战有余力乎？”
戴渊也不道歉：“岂敢有余，但力不足耳。”
王敦又问：“吾此举动，天下以为如何？”
戴渊答：“见形者谓之逆，体诚者谓之忠。”
王敦笑道：“卿可谓能言。”
随后王敦找到王导，首先就是责怪王导，早在司马睿立足江南的时候，王敦就有反心，那个时候王敦就认为司马睿年长难以控制，想要立年幼的亲王，王导当时反对，王敦责怪王导当时不听他的话，差点被灭族，王导却不惧怕王敦，据理力争...两兄弟架一吵完，王敦就开始说到戴渊，周顗的问题上去了。
他问王导：“周顗、戴若思南北之望，当登三司，无所疑也。”王导不吭气。
又问：“若不三司，便应令仆邪？”王导又不答。
王敦再问：“若不尔，正当诛尔。”王导还是不做声。
有人劝周顗外出避祸，避开王敦，周顗不同意，还说自己是忠臣，难道要去投奔胡人么？
没多久，王敦就叫手下邓岳，缪坦逮捕了戴渊和周顗，押赴东市处决，在一路上周顗还高声疾呼：“天地先帝之灵；贼臣王敦倾覆社稷，枉杀忠臣，陵虐天下，神祇有灵，当速杀敦，无令纵毒，以倾王室...”被差役用槊戳破嘴巴，满口鲜血，周顗口不能言，仍无惧色...戴渊，周顗被杀...
湘州刺史司马承因举兵抗击王敦，王敦令王廙率兵攻打长沙，两天就把司马承俘虏了，王廙在押送途中击杀了司马承...
因为甘卓的左右摇摆，王敦也要除掉他，不过鉴于甘卓手握重兵，王敦的想法就是先稳住，然后还是那一套--暗杀。
甘卓因为以前就是王敦的人，得到王敦的不少好处，所以很多人劝他讨伐王敦时显得犹豫不决，王敦还没攻下建康时，他想举兵讨伐王敦，所谓举兵就是带着军队出来溜达了一圈又回去了，谁都没搞懂他带着军队到底是去支持王敦还是反对王敦...王敦又发书给他，以高位诱惑，甘卓装作不知道，所以王敦有了杀他的想法。
诸如这样的事情很多，现在的东晋朝廷虽谈不上腥风血雨，起码一些敢于和王敦作对的人，都被他一一铲除。
陶侃曾拒绝司马承的相邀，所以保全了自己，卢政因投靠了沈充，也免去了危机。
有很大一部分人都得到了封赏，当然不是司马睿封赏的，王敦行使了绝对权力，沈充就被任命大都督，领三吴军事...其爪牙们都被王敦一一封赏...王应也得到了升迁，被任命为五官中郎将，督江州军事，为丞相副职...王瑜则出任吴郡郡守。
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