8点25分，阿穆尔舰队已经损失殆尽，17艘战舰仅存6艘。本来航道沉船已经被炸得差不多了，结果负责清理航道的两艘炮舰被击沉，又堵塞了航道，使得这六艘俄舰逃跑无望。
剩下的这六艘俄舰没有选择投降或者屈服，他们全部驶往北岸，在北岸搁浅，然后继续向南岸开炮射击。不过，已经搁浅了的俄国炮舰已经没有多大威胁了，不过段祺瑞还是下令将这六艘俄舰击毁，他的目的就是要全歼阿穆尔舰队，这点总指挥王士珍是给予肯定支持的。
经过半个小时的炮击，随着最后一艘俄舰在炮火中被摧毁，俄军妄图发动三江口战役来逼迫清帝国在谈判上让步的阴谋最终以阿穆尔舰队被全歼于三江口而宣告失败。
整个三江口战役立时不到三个小时，清帝国方面以牺牲松花江水师营为代价得以全歼俄国阿穆尔内河舰队，给俄国远东军队以重创。随着阿穆尔内河舰队的灭亡，俄国近半个世纪在黑龙江、乌苏里江上的嚣张气焰被掐灭，俄国也因此失去了从北方军事入侵中国的优势。
更为严重的是，俄国一直因为有阿穆尔河舰队为依靠，从来不担心制内河权的问题。有阿穆尔舰队在，俄军不需要在江北修筑坚固防御工事，而是以积极姿态以攻为守。
如今阿穆尔河舰队全军覆没，使得俄国丧失了制内河权，无法再对江南清军发动攻势，反而还得严防江南清军渡江攻击江北俄军，因为江北俄军并没有什么坚固的河防攻势。
三江口战役的消息传到海参崴后，库尔伯特金大将闻得阿穆尔河舰队的噩耗，立即命令哥萨克骑兵团和阿富汗兵团构筑河岸防御工事，严防清军渡河北上。至此，北洋陆军取得了战略上和战术上的全面胜利，迫使俄国远东军区在北方的攻势停止，转攻为守。
三江口战役的消息传至北京后，清帝国上下一片喜悦之声，光绪通电嘉奖北洋陆军，恩赏了王士珍等北洋陆军官兵们。而吉林将军长顺也因为参与了三江口之战，同样有功也得到了嘉奖。
总理衙门得知三江口胜利的消息，在对俄谈判上也强硬了很多。而俄国方面，因为三江口的失利和阿穆尔内河舰队的全军覆没，使他们在谈判上不但无法再要挟清帝国，反而自身又失去了很多谈判筹码。
对此，俄国方面不得不做出让步，原本要求赔偿的一亿两白银和割让辽东半岛的条件，改为赔偿五千万两和割让辽东半岛。而辽东半岛也允许清帝国花四千万两赎回。
俄国的条件在不断的压低，但九千万两的战争赔偿总理衙门依然不能接受。眼下清帝国军事上取得优势，总理衙门根据慈禧的指示，最多赔偿一千万两，作为让俄军撤离辽阳的费用。双方的底线差距很大，一时间又陷入了僵持当中。
不过，来自列强们的态度开始有利于清帝国。英国政府认为清帝国完全有能力在陆上战争中打败俄国远东军区，因此英国方面反对向俄国赔偿，继续鼓动总理衙门一分钱不给，反而要求俄国赔偿侵略东北所造成的损失。
英国人不安好心，他们希望清俄双方爆发全面战争，即打击俄国又削弱清帝国，这符合英国政府的远东利益。
英国人喜欢的，德国人便不喜欢。德国政府不希望俄国在远东受创，不希望俄国将重心调整至欧洲，德国希望俄国继续向远东扩张，缓和欧洲德俄之间的矛盾，同时冲击英国。德国政府在外交上开始向着俄国一方倾斜，同时在经济上向俄国伸出援手，愿意购买俄国战争国债，支持俄国向远东扩张。
德国的动作令法国人不舒服，法国人的想法跟德国人正好相反，他们希望俄国在东方扩张受阻，将重心收回欧洲，这样扩大德俄矛盾才符合法国利益。
然而，法国作为俄国的盟国，不能表现出希望俄国在远东打败仗的想法，当德国愿意向俄国贷款时，法国既不想让俄国跟德国借钱，又不想俄国有钱继续跟清帝国打下去，于是法国借着俄国受到国际银亏危机影响之机，向俄国表示愿意支持俄国实行金本位制改革。俄国想要摆脱银亏带来的巨额通货膨胀，就必须采取金本位制，而采取金本位制需要耗费巨额资金，一旦启动，数年内都没钱对外开战。
法国的意向得到了俄国权臣维特的支持，而维特也说服了尼古拉二世暂时放弃对华战争，当务之急是先稳定国内经济。不过，尼古拉二世依然坚持要体面的结束战争，于是法国政府转而支持俄国，要求清帝国做出让步。
德国和法国的态度改变，令总理衙门有些紧张。总理衙门奏请光绪和慈禧，要严防德法俄三国再次抱团，应该做出些让步。光绪这个时候表现的非常孝顺，表示一切由慈禧做主。结果慈禧认为有过德法俄三国干涉日本还辽的前车之鉴，因此忌惮德法俄三国再次抱团出招，于是同意总理衙门在原有的一千万赔偿金基础上再加了两千万，一共三千万赔偿金作为换取沙俄退兵的条件。沙俄政府已经准备结束这次失败的战争了，能够得到三千万两赔偿的好处可以弥补一大半的损失。俄国人很清楚眼下清帝国其实已经占据了上风，再打下去恐怕对俄国不利，于是俄国方面同意了总理衙门的条件。
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