这些离开空间实验室护罩的微观文明飞船有一千亿个，大概是它们三分之一的力量。
被微观文明占领的飞船之中，最大的是国家级，最小的是村级飞船。大洲级和行星级飞船已经具备了一定的防护力，它们要进去并不容易。立刻，在这一艘艘的飞船之中，第二战场被开辟了出来。
微观文明的飞船自由的活动在这些飞船的信息线路之中，修改着这些战舰的硬件配置，软件参数，最终达到将其变为己有的目的。面对微观文明那渺小如同原子一般的体型，萧宇的任何飞船内部防护措施全部不起作用。
萧宇的庞大计算力也在这一瞬间喷薄而出。萧宇首先提高这些飞船的控制权限，然后控制着维修机器人开始修补破损的讯息线路。双方的交锋在软件和硬件层面同时展开。所不同的是，萧宇的防御主要集中在软件层面，而微观文明的进攻主要集中在硬件层面。
没有软件层面的权限，硬件就无法使用，没有硬件作为载体，软件便也是无根之水。
萧宇设置了一个又一个逻辑陷阱和逻辑障碍，在软件层面抵挡着微观文明的进攻。而微观文明则通常直接修改硬件，通过暴力破解的方式来试图获取战舰的控制权。它们甚至于试图切断萧宇和这些战舰的联系。不过这很难做到，一艘庞大的战舰，上面安装的通讯联络装置何止千万？只要这千万联络装置之中有一个没有损坏，萧宇就可以通过它控制整艘战舰。
在激烈的攻防之中，有的飞船陷入到了即将被攻陷的边缘。到了这个时候，萧宇就会当机立断，立刻操纵战舰自爆。有的飞船还没有来得及自爆就被微观文明控制了权限，这个时候，萧宇也只有操纵其余的战舰将其击毁。
在清扫者文明的常规战舰被全部毁灭之后，在这一片战场之中再一次响起了炮火。所不同的是，参与交战的双方全部都是萧宇自己的飞船。
最关键的一次争夺发生在一艘行星级战舰之上。微观文明终于攻破了这艘行星级飞船的外层防御，进入到了战舰内部。大概三十多万艘微观文明飞船参与到了抢夺这艘行星级战舰控制权限的争斗之中。一条条讯息线路被切断，一条条不遵守规则的线路被搭建起来，原本需要权限验证才可以传递的信息在新搭建的线路之中畅通无阻……
萧宇并没有等到这艘行星级战舰被完全占领，就将它果断引爆了。宁愿将其毁掉，也不能让它落在微观文明手中。这就是萧宇的想法。
太阳号恒星级战舰也受到了一定程度的攻击。不过太阳号飞船的防御力可是和空间实验室一个水平的存在，微观文明没有办法在短时间之内攻破太阳号飞船的防御。在对抗守护者文明的战争之中，被微观文明悄无声息的就进入到主机房之中的情景，不会在太阳号飞船之上重演。要知道，在那次事件之后，萧宇可是专门对微观文明进行了一些研究，做出了具有针对性的防守措施。
就在这激烈的争夺，进攻，防御之中，时间在一点一点的过去。已经过去了一个半小时时间，距离中子战星被毁灭，还剩下半个小时……
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