田九成的叛乱发生在建文元年，在另一个时空则是洪武三十年，但在具体时间上并无二致，因为在这个时空，洪武朝只有二十九年，原因主要是朱允炆要修筑绥远城，控制阴山以南的肥美草场，以及由此而来的连锁反应。对于孙子的雄心壮志，朱元璋当然是全力支持，但是由于燕王涉嫌刺杀储君，所以朱元璋派宁王出击，却在漠北惨败，还搭进去了一个颖国公傅友德，北方边境随之空虚，朱元璋不得不继续调集军队北上，周王率军驻守大宁，燕王驻守北平，这一系列的操劳，让本就身体不好的朱元璋积劳成疾，只活了六十九岁。
所以当朱允炆登基的时候，其面临的形势比另一个时空还要糟糕，他提前两年登基，虚岁只有二十岁，而周王、燕王、冯胜、王弼等都拥兵塞上，虎视眈眈，朱允炆不敢有一日的放松，所以当田九成的叛乱如期而至时，朱允炆已经无暇顾及。
所以虽然田九成自称“汉明皇帝”，年号还使用了小明王韩林儿的“龙凤”年号，对朝廷的挑衅味道极浓，但朱允炆却并没有听从众人的建议，派耿炳文带兵镇压，而是派西平侯沐春调集四川、陕西的卫所军进行镇压，将耿炳文留在朝中，同时向真定继续增兵，在这一点上，王度与朱允炆的观点是一致的。
事实证明，这是对的，田九成叛乱尚不足一月，燕王朱棣就起兵造反了。
为保证平燕前线的兵力，朝廷从西北大量调兵，造成了西平侯沐春手中兵力不足，平叛非常困难，加上沔县附近地形复杂，定军山山势险要，阳平关易守难攻，所以直到建文二年年底，即燕王之乱被平定半年后，田九成叛乱才被彻底平定。
田九成叛乱之后，没有进攻东面的汉中，而是向西攻占略阳、徽州、成县、凤县等地，联结当地的羌汉贫民，当然这也得益于田九成的羌族身份，田九成叛军一度声势大震，远近的贫民纷纷投奔，汉中形势也一度相当紧张。
西平侯沐春采用了西北、东南两个方向合围的战略，借助大巴山的山势，步步压缩田九成叛军的活动空间，最后将其压缩到老巢---马面山，然后调集优势兵力将其合围歼灭，田九成、高福兴以及下属五千多人被俘，朝廷采取了“诛首恶同谋、释放胁从”的办法将田九成等人斩首示众，并命指挥使姜观将宁羌卫驻地从徽州迁移到羊鹿坪，控制了这一兵家必争之地。只不过王金刚奴等人一直在逃，未能抓捕归案，另外在逃的还有田九成、高福兴以及一些所谓“天王”的家人……
这些事情并不是什么秘闻，徐辉祖等人都略知一二，但如今骤然听说山东教乱和昔日的陕西教乱有这样的牵连，徐辉祖的脸色有些凝重，原本在他看来，山东教乱平定甚易，教匪都是些乌合之众，不足为虑；但加上田九成的余部就不同了，田九成的叛乱持续了接近两年，能够活下来的肯定都是些亡命之徒，比骤然叛乱的战场新丁要强的多，也许这就是青州叛乱在短短一月之内就蔓延到如此地步的原因。
待刘燧和洪放介绍完情况后，军议就进入了下一个议题，如何平叛。
“奉天承运皇帝诏曰：”
“此次山东教乱，旬月之间，蔓延数县，州府糜烂，匪兵猖獗，百姓无家可归，又值冬春之际，天寒地冻，受难百姓死伤累累，苦不堪言！朕每思之，不由怆然涕下，愧对祖宗先帝之灵！”
“天下百姓，尽朕子民，子民蒙难，朕甚悯之！”
“除教乱首恶同谋以及罪大恶极之辈外，其余百姓尽皆赦免，如有出首等立功表现者，朝廷会给予封赏！”
“……”
讨论平乱方略时，铁铉首先宣读了皇帝的圣旨，也让大家明白了朝廷的方略。
众人听过圣旨后，神色各异，京中来的还好，他们多少知道一些风声，而山东的官员则有些不忿，李语迟顿了一下，拱手道：“监察使大人，这些乱民杀害官吏，抢夺粮草，各地乡绅大多遭其毒手，难道朝廷就轻轻放过？难道他们只要放弃叛乱，就不再追究了吗？”
“如此一来，我们该如何面对那些忠勇守城的将士？如果面对乱民屠刀下的冤魂？”
“是啊，大人！”刘燧也接口道：“青州一战，齐王护卫葬身火海，城内军民十不存一，难道就这样算了吗？”
……
听着众人沸沸扬扬的声音，铁铉和徐辉祖对望一眼，徐辉祖缓缓点了点头，铁铉皱了皱眉，“啪”的一下拍了一下桌子：“你们好大的胆子，竟敢质疑皇上的圣旨，你们莫不是要抗旨吗？”
“臣不敢！”
“末将不敢！”
李语迟、刘燧等人纷纷跪倒，吓得魂不附体，不敢多言。
“你们听好了，本官不仅是剿匪大军的监察使，还是山东的布政使，所以本官会调查此次教乱的始末缘由，如果让本官发现你们其中有欺压百姓，促成民乱的贪官污吏，定不轻饶！”
“另外，”铁铉拿起杯子喝了一口水，放松了一下口气道：“另外，皇上也不是全不追究了，首恶、同谋以及罪大恶极之辈，都不会放过！”
“而且，这些参与教乱的百姓，朝廷会将其迁移至吉林布政使司，为国戍边！”
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