在诸王参观钢厂、船厂时，朱允炆则在乾清宫东暖阁，召开了建文三年的第一次会议，参会人员有军机处、文渊阁、五军都督府都督、六部尚书和侍郎以及翰林学士等人，着重讨论建文三年的重要待办事宜，这次会议在年前就已经通知到相关人员了，所以大家都做了较为充分的准备。
朱允炆让每位官员提两件事情，然后汇总到文渊阁，由解缙、杨士奇、杨荣等人整理后，汇报到自己这里，然后在会上逐条提出，供大家讨论，协商。
这种讨论的方式让大家感觉很新奇，所以开始时发言并不踊跃，但是一旦开了头，大家就忘乎所以起来，慢慢收不住嘴，而朱允炆则基本不发表言论，尽可能的给群臣发挥的空间。
朱允炆要求他们迅速将所有议题先过一遍，这样大家有共识的东西就很快就通过了，剩下的事情是争议比较大的，再逐条讨论，尽可能的征求大家的共识。每个人提出问题时都有自己的结论，他们事先都做了详细的准备，所以事情逐渐演变成提出者逐一回答众人的质询，如果能够说服大家，就通过；如果说服不了就暂时搁置；至于争论不休的问题，也是暂时搁置，等待皇帝裁决。
会议上，朱允炆采取了投票表决的方式，所有的表决结果都会存档，以备后查。
上午，许多争议较少、迫在眉睫的问题都通过了，比如苏松赋税过高的问题；江南嘉兴、吴、松等地入海口淤塞，河水倒灌田间的问题；北平附近灾民赈济、白莲教清剿问题；市舶司偷税漏税以及官员贪污问题等等。
但还有一些问题悬而未决，比如云南麓川土司问题、辽东女真叛乱问题、移民辽东问题、移民北平问题和修筑运河问题等等。
西南云贵、缅甸一带的少数民族，历来为中原王朝所头痛，他们一般不会造成太大的祸患，一旦他们走出丛林、高山，在旷野上往往不堪一击。但中原军队进入丛林、高山，鏖战于怒江、澜沧江、金沙江等流域时，则往往伤亡惨重，得不偿失。后世史学家认为明朝虽亡于东北的女真，但其衰落却起于正统年间的三征麓川，以及天启、崇祯年间的奢安之乱。故有“唐征南诏而衰，明征麓川而亡。”的说法，当然这也只是一家之言。
最后在西平侯沐晟、平南将军何福的建议下，以稳定西南为主，暂不对麓川用兵。
辽东女真叛乱的问题，是由辽东都司吴升、毅国公平安和辽东布政使程本立提出的。自蒙古进展开平、大宁后，朝廷用银钱招揽女真人，令其劫杀蒙古人，女真人贪图财帛，加之骁勇善战，在装备了明军的铠甲之后，更是锐不可当，立下了不少战功。战后，朝廷在辽东编户齐民，将部落首领迁至辽阳、沈阳居住，其余部民打散的方式，这造成了辽东部族的反抗，其中以建州女真猛可帖木儿为最，甚至有部分女真人逃入朝鲜，而朝鲜北部的女真部落与他们同宗同族，往往接纳他们避难。
朝臣大多不支持对辽东编户齐民，武将们倒是支持，平安、吴升等人希望朝廷增兵，彻底清剿女真人，程本立则主张不要过于激化矛盾，主张在要害之地筑城，采取步步为营、缓步推进的方式。
麓川的事情朱允炆可以退让，但辽东问题，朱允炆却出现了罕有的坚持，最后他做出决定，令礼部侍郎高巍巡视辽东，组建吉林都司和黑龙江都司，将辽东诸部编成卫所；毅国公平安、近卫骑兵军李远部驻沈阳，征调辽东诸部，进攻草原，不服从征召者灭族，服从征召者给予重赏，并将其逐步迁移至平原地区，进行农耕。
同时朱允炆令礼部派使者赴朝鲜传旨，令其将女真人归还大明，不得包庇。
最后朱允炆令加快向辽东的移民速度，并为辽东驻军配备大量的火器，招揽商人开荒，开荒商人可以配备火器和弓箭，甚至在遭受女真人袭击时，可以向附近驻军求救。驻军有义务保证辖区内商人、百姓的安全。
移民北平和修筑运河其实是一个事情，山东段的会通河（临清至徐州）河段在洪武二十四年就已经淤塞，至今已经有七八年了，朝廷一直没有清理。这是因为朝廷建都金陵，北方驻军的粮食依靠海运即可，而且北方多是卫所，仅能自给自足，朝廷征收不到多少赋税，所以没有动力去疏通运河。另外朝廷对向北平移民也并不积极，因为这会增加海运的负担。
当朱允炆提出将要迁都北平时，众人哗然，纷纷反对，大家多为南方人，习惯了京师夏雨秋风、秦淮河上的红袖酥手和温香软语，不愿意到北方苦寒之地去受苦。而且有识之士还指出，一旦迁都北平，必苦江南百姓，为供养北方的京师和大军，必然民生凋敝，得不偿失。甚至有重臣如郁新、夏原吉等人跪地磕头，恳求朱允炆收回成命。
但是朱允炆摇了摇头，让人挂上大明的地图，然后说道：“诸位，朕也不愿意耗损民力，但这也是无可奈何之事。”
“自古京师之地，必居强兵之所，且有山峦、大河阻隔，而居于膏腴之地者之王朝往往不能长久。”
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