至于为什么清廷的水师会缺炮，这件事情还得从清初的三番说起，后人所知道的三番是指的尚可喜、吴三桂、耿精忠，实际上在康熙元年的时候，耿精忠才刚刚年满十七岁，还不到十八岁，所以这个时候的福建靖南王还是耿精忠的老子耿继茂，历史上直到1671年耿继茂才嗝屁了，耿精忠这才继承王位，这家伙才刚刚坐上王位不久，西南方向的吴三桂就举兵造反了，这一下子年轻气盛的耿继茂也立刻起兵响应，这才“留名青史”。
耿继茂这个人目光短浅而且嗜杀成性，在当初和尚可喜一起攻打广州城的时候，因为城中的百姓不愿意投降清廷，因此死战不降，；两人一连攻打多日不下，最终两人计穷，只好将广州城包围起来，阻隔城中和外界的联系，一连围困城池长达十个月之久，终于打破城池，而这个时候广东还尚未被敕封为尚可喜的领地，于是耿继茂便借口城中的百姓负隅顽抗，纵容手下的士兵在城中打死烧杀，士兵烧杀抢掠，无恶不作，大规模的抢劫活动持续了整整十二天，广州城内四十万百姓加上逃难于此的百姓共计七八十余万人，最后竟被屠杀了超过七十万人。
这一战彻底将反清复明的根基打垮了，要知道广州市舶司在明朝末年的税收几乎占到了全国税收的一半，广州城的沦陷使得各地的反清志士都丧失了经济上面的补助和救济，惨烈的屠杀也给了所有汉人一个巨大的警示。
这个时候福建才刚刚安定两三年的时间，耿继茂自然不想清廷无缘无故的在自己的地盘上面驻扎这么一支大军，所以不仅截断了清军水军的陆上粮食补给，而且还阻挠施琅招募的工匠前去金厦两地，不仅如此，他还派出军队在厦门一带布置下防御，说起来是防御外敌入侵，实际上是将施琅的势力排除在外，这一下子施琅只好将海军的驻地驻扎在了金门岛上，他手中除了金门之外还有一处港口，那即是马港，这座港口是他在之前逼走郑家水军的时候兴建的，这个时候依然在清军的手中。
耿继茂的封锁使得施琅这个时候招募不到铸炮匠人，粮食被截断了他可以走海路运输，但是铸炮的工匠别的地方却很难招到，要知道，在明朝末期的时候，广州福建一带的匠人所铸造的火炮占据了绝大部分，大部分的匠人都聚集在这两个地方，这个时候耿继茂一封锁，他就招不到人了。
施琅自然知道耿继茂是对于自己出现在他的封地感到不满，但是这个时候福建距离台湾时最近的，如果不在福建一带备战，难道还要让他去浙江或者广东吗？
浙江倒也不是不能行，但是毕竟距离台湾的距离稍稍有点远，而且船队驶过去将要直接面对对方的首要城市基隆，这座城市施琅已经了解的很清楚了，城市的规模很大，比之厦门来说还要更胜一筹，而且基隆还有一处天然的良港，城外还有三座炮台，据探子回报说，这三座炮台上面的火炮不下百十门，且极为坚固，居高临下堪为锁钥。
施琅自然不想去碰这种硬骨头了，柿子拣软的捏，他的目标是台南，这座城市几易其手，分别驻扎过荷兰人、郑家军、梁国和目前的中华军，从理论上来说长时间的战争势必会带来破坏，加上这座城市被中华军掌握的时间还不是很长，所以从理论上来说这座城市的防御力量是最为薄弱的，势必也是最好拿下来的。
台南距离基隆还是有些远的，施琅计划拿下这座城市之后以此为根基，分别从南北两个放行出兵，配合着大陆跨海而来的军队，能够轻易的封锁掉基隆的海面，然后再从海陆两地同时发起进攻，首先摧毁或者拿下敌人的炮台，再对基隆市发起总攻，在这项计划之中，有两个地方至关重要，这两个地方分别是澎湖岛和台南市。
这也就是为什么施琅一定要留在福建的缘故了，只有留在福建，他才能将澎湖岛这个关键支点牢牢的掌握在手中，如果他的大军移师浙江，那么他将不可能保住澎湖岛，这样一来他的作战计划将被彻底的打乱。
尽管澎湖岛上目前的驻军不多，前几天他还将岛上的十艘军舰调回来了六艘，只留下四艘快船，而且向守军交代了，一旦发现敌军有夺岛的企图，则立刻放弃澎湖岛搭船离开，施琅这么看重澎湖岛，但是却好像对它的得失看得不重，这是因为这座岛屿实际上是他的一个诱饵。
澎湖岛上没有人口定居，岛屿的面积虽大，但是能够提供的地形实在是不便于防御，加之中间还有一个巨大的湖泊，使得它对于双方来说都犹如鸡肋，食之无味弃之可惜，派兵去防守又容易遭到对方的攻击，而己方这边的驰援速度根本就来不及救援，这对于双方来说都是一样的，所以施琅知道中华军并不会出动大军来攻占澎湖。
但是对于进攻一方的清廷水军来说，这处岛屿掌握在自己的手中，意味着自己多出来了一个前出基地，日后大军出征，可以以此为中转站，建立防御设施和补给设施，不方便参加战斗的运输和后勤船只则可以到此地来卸货，如果敌军倾巢而出前来袭击，那么就正好中了他的下怀，在自己熟悉的海域和自己不太熟悉的对手交战，总归是要比在陌生的海域和陌生的对手交战的好。
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