小智在蓝普尔其海滩边与小茂一战后，便告别了自己的母亲花子还有大木博士，当然了，在临走前，小智也是向输给了小茂送了一句话道：“小茂如果你依然这样一路上悠闲的旅行的话，无论多少次的比赛，赢的一定会是我。”
然后便回到了‘柳爷爷旅馆’里面，喊上了小霞还有圣代两人，整装待发，至于小黄，小智并没有打算带上小黄一同旅行，毕竟之前在圣特安努号结伴是因为特殊原因，现在到了蓝普尔其海滩了，小智也可以放心的让小黄独自一人回家去了，毕竟对于出门在外旅行来说，小黄还是小了一点，连神奇宝贝世界能够获得初始神奇宝贝十岁的年龄都还没有达到。
“对了小智，小黄说她就不和我们一起旅行了，她说出来了这么久了，也应该回去看看自己的父母了。”圣代从旅馆里面走了出来，便向小智道。
“不过小黄可是说了的，等到不久之后她年纪达到了十岁，能够领到了属于她自己的初始神奇宝贝后，可是会到真新镇来找你的。”小霞向小智道。
“这样也好，那么我也就不去和小黄道别了，反正还有见面的时候，赶快走吧，要不然就赶不上上午的渡轮了。”既然小黄自己都已经决定了回家去看一看，小智也就向小霞还有圣代道。
而此时的小黄，早就在昨天晚上的柳爷爷旅馆里面和小霞姐姐还有圣代姐姐商量完了这件事情以后，就独自一人带着丘丘在第二天一大早离开了柳爷爷旅馆，临走的时候还默默的注视了睡在沙滩上的小智许久，才离开了蓝普尔其海滩。
因为小黄的离队，小智旅行的队伍也重新变为了之前的三人行，在离开海滩上的时候，小霞与圣代也是和大木博士还有小智的母亲花子打了一个招呼，聊了有一会的时间，当然浪费时间的人主要是小智的母亲花子，在不断的向小霞还有圣代聊着小智小时候的趣事，一直聊到小智说再待下去就赶不上渡轮了，花子母亲才放弃了这初次见面的交谈。
在赶向渡轮的时候，小霞与圣代走在一起谈论道：“没想到小智你的母亲是这么一个风趣的人。”
“是啊，没想到小智小的时候竟然那么的顽皮。”圣代也是笑嘻嘻的向身旁的小霞道：“要不是花子阿姨讲了出来，我们还不知道那！”
走在小霞还有圣代前面的小智耳边不停的传来小霞还有圣代谈论自己小时候顽皮捣蛋的经历，不时传来的嬉笑声音，让小智不由得对自己肩膀上因为小黄丘丘的离去而垂头丧气的皮卡丘苦笑道：“皮卡丘，你主人我这是没脸见人了。”
“皮~”回答小智是皮卡丘有气无力的声音道。
就这样，两位少女是在后面有说有笑的谈论从花子阿姨哪里得知的小智小时候的趣事，前面的是选择了无视掉这两位少女聊天的小智还有垂头丧气的皮卡丘一路来到了蓝普尔其的港湾，可是出现在小智面前的景象却是让他大吃一惊。
“这是怎么回事？”走在后面的小霞也是看见了眼前这如同世界末日一般的港湾，疑惑道。
圣代指着不远处巨大的黑影道：“我想造成这一切的估计就是那个庞然大物了。”
就在小智三人不知道如何是好的时候，一位君莎小姐骑着一辆摩托车开到了小智的面前停了下来道：“你们是路过的旅行者，赶快避难去吧。”
见来人是君莎小姐，小智也是走上前去问道：“君莎小姐，这是怎么一回事？”
这位君莎小姐也是一个热心人，小智向她询问后，她也是向小智他们解答了他们的疑惑，为什么好好的一个港湾，会变成现在这个样子。
原来和小智他们一同陷在圣特安努号的小次郎还有武藏两人也算福大命大，并没有就此长眠于深海之中，反倒是不知道用什么办法逃了出来，来到了这个港湾，然后接受了这里的一位暴发户解决玛瑙水母的作乱，结果不知道什么原因，这两个家伙竟然弄出了一只有着三十米身高巨大的玛瑙水母的进化体毒刺水母出来。
然后在这只巨大的毒刺水母的带领下，成千上万的玛瑙水母向着这座港湾城进行了报复性的破坏，将原本好好的一座港湾城，变成了现在如何世界末日一般的模样。
“所以你们就赶快避难去吧，我们已经向神奇宝贝联盟提交了援助申请，相信那只巨大的毒刺水母也嚣张不了多久了。”君莎小姐将这一切讲完了以后，向小智说道：“虽然事情的起因是我们人类的不对，不过也不能仍由这群玛瑙水母还有毒刺水母破坏下去了，我还要去告诉其他人去，你们就避难去吧。”
同样在一旁全程听见了君莎小姐所说这件事情起因经过的小霞向小智问道：“小智，我们应该怎么办？”
“是啊，这下看来我们肯定是坐不上渡轮了，我们该往哪里去呀？”圣代也是道。
在听见了君莎小姐说明后，小智早就已经热血沸腾了，向小霞还有圣代道：“小霞，圣代我想去会一会那一只巨大的毒刺水母了，不知道你们？”
“好了，好了，我已经知道你的想法了，我们还能怎么办，就舍命陪君子吧。”小霞见此时的小智已经两眼放光的注视着不远处的黑影向一旁的圣代道：“你说是吧，圣代。”
“没错，我也想去会一会那只巨大的毒刺水母。”圣代答道。
不过小智三人想要接近不远处那个巨大的黑影可不容易，正如同君莎小姐嘴里所说的，这只巨大的毒刺水母可是带着成千上万的玛瑙水母进军这座港湾，一路上小智三人就遇见了不少的玛瑙水母，好在小智肩膀上的皮卡丘发力了，将它们都倒在了自己威力四射的电击下。
让小智三人是在一片废墟之中走了好一会，才来到了这只巨大的毒刺水母面前。
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